Зайти на машину под пользователем для которого вы хотите установить/обновить ключ
Положить ключ(файл с расширением .pfx ) в любую директорию
Скачать скрипт setup_crypto_key.sh в директорию в которую положили ключ
Открыть терминал в директории с ключом
Запустить скрипт командой
bash ./setup_crypto_key.sh key_pin="<пин-код ЭЦП>"
указав текущий пин-код ключа в строке запуска
Во время установки записать новый пин-код или пропустить ввод для пустого

Если вы устанавливаете ключ в первые(не обновляете), то еще нужно установить рутовый сертификат минцифры

/opt/cprocsp/bin/amd64/certmgr -install -store uroot -file ./min.cer

Связанные статьи